广东祈福医院消化内镜科有20余年的学科发展历史，是一个经验丰富、技术熟练、有专科特色的科室，可接收内镜医生的进修学习及承担广州中医药大学高校研究生的临床实践工作。科室技术力量雄厚，共有医、护、技人员近20人，形成了一支从住院医师到主任医师的梯队合理、朝气蓬勃、积极进取的学科队伍；科室多人专门赴国内著名内镜学习，拥有高水平消化内镜诊治能力，能开展无痛内镜诊疗及内镜下的各种微创治疗，年内镜诊疗量约为2万余例次，无痛内镜覆盖率达97%，居全国领先，每年开展内镜下治疗量达5千例次。目前开诊4间手术操作间。

消化内镜中心有国际先进的电子胃镜、电子结肠镜、电子十二指肠镜、超声内镜及一大批附属设备，常规开展的内镜诊断项目有：胃镜、结肠镜、超细内镜、十二指肠镜、消化道超声内镜、胶囊内镜及内镜精查（含染色内镜、窄波内镜、放大内镜）等检查。目前中心大力开展内镜微创治疗，如消化道出血止血术（包括曲张静脉套扎及硬化剂、组织胶注射治疗）、消化道异物取出术、消化道狭窄扩张及支架置入术、消化道息肉摘除术、经皮内镜下胃/空肠造瘘术（PEG/J）、内镜下粘膜切除术（EMR）、内镜粘膜下剥离术（ESD）、内镜粘膜下挖除术（ESE）、内镜下全层切除术（EFTR）、贲门失驰缓症经口内镜下肌切开术（POEM）、经粘膜下隧道内镜切除术（STER）、逆行性胰胆管造影术（ERCP）、十二指肠乳头括约肌切开（EST）取石术、鼻－胆和鼻－胰管引流术(ENBD及ENPD)、胆胰管支架置入术（ERBD及EMBE）等微创手术。

同时，消化内镜中心注重交流与合作，与国内、外多家知名医院和学者建立了稳固学术交流合作关系。科室注重临床与科研相结合，参与多个国内多中心研究，发表多篇学术论文。